1.备案申请保税
经国家批准的保税区域，包括保税区、出口加工区从境外运入区内储存、加工、装配后复运出境的货物，已经整体批准保税，备案阶段与报关阶段和并，省略了按照每一个合同或每一批货物备案申请报税的环节。
经国家批准的保税仓库，在每一批货物进境入库之前必须按照每一批货物为单位进入备案申请报税的环节：仓库经营人向主管海关提出保税申请，主管海关审核后批准保税，仓库经营人凭海关批准报税的单证办理申报货物进境入库手续。
加工贸易进口料件，包括来料加工、进料加工、外商投资企业履行产品出口合同、保税工厂、保税集团进口料件，则必须按照每一个合同为单位进入备案申请报税阶段。加工贸易进口料件备案批准报税阶段的具体环节是：企业合同备案、海关批准保税、设立或不设立银行台帐、海关核发《手册》。
2.进出境报关
所有经海关批准保税的货物，包括区域保税货物、仓储保税货物和加工贸易经海关批准准予保税的货物，在进出境时都必须和其他货物一样进入进出境报关阶段;与一般进出口货物报关阶段不同的是，保税货物暂缓纳税，不进入纳税环节，但应当收取监管手续费。
进出境报关阶段的具体环节是：申报、配合查验、缴纳或免纳监管手续费、提取货物或装运货物。
3.报核申请结案
报核申请结案阶段的具体环节是：企业报核、海关受理、实施核销、结关销案。
所有经海关批准保税的货物，包括区域保税货物、仓储保税货物和加工贸易经海关批准准予保税的货物，都必须按规定由保税货物的经营人向主管海关报核，海关受理报核后进行核销，核销后视不同情况，分别予以结关销案：
① 区域保税货物因为没有规定具体的保税期限，所以最终的结案应当以进区货物最终全部出境或出区办结海关手续为结案标志。本期核销该批报税货物没有全部出境或出区办结海关手续的，则不能结案，结转到下期继续监管，直到能够结案。
② 仓储保税货物应当以该货物在规定的保税期限内最终全部出境或出库办结海关手续为结案标志。每月报核一次。本期核销该批报税货物没有全部出境或出库办结海关手续的，则不能结案，结转到下期继续监管，直到能够结案或者到期变卖处理。
③ 加工贸易经海关批准准予保税的货物应当以该加工贸易合同项下产品在规定期限内全部出口或者部分出口，不出口部分全部得到合法处理为结案标志。海关受理报核后，在规定的核销期限内实施核销，对不设立台帐的，予以结案;对设立台帐的，应当到银行撤销台帐，然后结案。
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