出口加工区在进出口货物之前，应向出口加工区主管海关申请建立电子账册，包括“加工贸易电子账册(H账册)”和“企业设备电子账册”。
1、与境外之间进出境货物的报关(通常与保税区结合在一起考，作比较)
应填写的是“进出境货物备案清单”，向出口加工区海关报关。
跨关区进出境的时候，按“转关运输”中的直转转关方式办理转关。对于同一直属海关的关区内进出境的出口加工区货物，可以按直通式报关。
(1)境外货物运入出口加工区，采用直转的转关的方式办理转关的步骤。
(2)出口加工区货物运出境外，采用直通式报关。
2、出口加工区与境内区外其他地区之间进出货物报关
(1)出口加工区货物运往境内区外(出区进入国内市场)
其他规定：
①出口加工区企业内销加工制成品，以海关接受内销申报的同时或大约同时进口的相同或类似货物进口成交价格为基础审查确定完税价格。
②内销的副产品，以内销价格作为完税价格，由区外企业缴纳进口关税和进口环节海关代征税，免于交付缓税利息。属许可证件管理的，出具有效的进口许可证件。
③出口加工区内企业产生的边角料、废品、残次品等原则上应复运出境。如出区内销按照对区外其他加工贸易货物内销的相关规定办理：(2010年新增)
A、边角料、废品内销，海关按照报验状态归类后适用的税率和审定的价格计征税款，免予提交许可证件；
B、边角料、废品以处置方式销毁的，或者属于禁止进口的固体废物需出区进行利用或者处置的，区内企业持处置单位的“危险废物经营许可证”复印件以及出口加工区管委会和所在地地(市)级环保部门的批准文件向海关办理有关手续；
C、对无商业价值且不属于禁止进口的固体废物的边角料和废品，需运往区外以处置之外的其他方式销毁的，应凭出口加工区管委会的批件，向主管海关办理出出区手续，海关予以免税，并免予核验进口许可证件；
D、残次品出区内销，按成品征收进口关税和进口环节海关代征税，属于进口许可证件管理的，企业应当向海关提交相应许可证件；对属于《法检目录》内的出区内销残次品，须经出入境检验检疫机构按照国家技术规范的强制性要求检验合格后，方可内销。
④出口加工区内企业在需要时，可将有关模具、半成品运往区外进行加工，由区外企业，向加工区主管海关缴纳货物应征关税和进口环节增殖税等值的保证金或银行保函后方可处理出区手续。加工产品应按期，一般为6个月，复运回加工区。
⑤出口加工区区内企业经主管海关批准，可在境内区外进行产品的测试、检验和展示活动。
⑥运往境内区外维修、测试或检验的机器、设备、模具和办公用品等，不得用于境内区外加工生产和使用。应自运出之日起60天内运回加工区。因特殊情况不能如期运回的，区内企业应于期限届满前7天内，向主管海关说明情况，并申请延期。申请延期以1次为限，延长期不得超过30天。
⑦运往境内区外维修的机器、设备、模具和办公用品等，运回加工区时，要以海关能辨认其为原物或同一规格的新零件、配件或附件为限，但更换新零件、配件或附件的，原零件、配件或附件应一并运回加工区。
