保税加工货物进出境由加工贸易经营单位或其代理人向海关申报。
保税加工货物进出境申报必须持有加工贸易手册或其他准予合同备案的凭证。
保税加工货物进出境的报关程序与一般进出口货物一样，也有4个环节，其中申报、配合查验、提取货物或装运货物3个环节与一般进出口货物基本一致，见一般进出口货物的报关程序。有区别的是，保税加工货物进境的报关程序第3个环节不是缴纳税费，而是暂缓纳税，即保税。除此以外，还有以下区别：
加工贸易企业在主管海关备案的情况在计算机系统中已生成电子底账，有关电子数据通过网络传输到相应的口岸海关，因此企业在口岸海关报关时提供的有关单证内容必须与电子底账数据相一致。也就是说，报关数据必须与备案数据一致，一种商品报关的商品编码、品名、规格、计量单位、数量、币制等必须与备案数据无论在字面上还是计算机格式上都完全一致。若不一致，报关就不能通过。
保税加工货物进出境报关的许可证件管理和税收征管要求如下：
(1)关于进出口许可证件管理
①进口料件，除易制毒化学品、监控化学品、消耗臭氧层物质、原油、成品油等个别规定商品外，均可以免予交验进口许可证件。这里所称“免予交验进口许可证件”，并不包括涉及公共道德、公共卫生、公共安全所实施的进出口管制证件。
②出口成品，属于国家规定应交验出口许可证件的，在出口报关时必须交验出口许可证件。
(2)关于进出口税收征管
准予保税的加工贸易料件进口时暂缓纳税。加工贸易项下出口应税商品，如系全部使用进口料件加工生产的产(成)品，不征收出口关税。加工贸易项下出口应税商品，如系部分使用进口料件、部分使用国产料件加工的产(成)品，则按海关核定的比例征收出口关税。
具体计算公式是：
出口关税=出口货物完税价格×出口关税税率X出口产(成)品中使用的国产料件和全部料件的价值比例
出口货物完税价格由海关根据《中华人民共和国海关审定进出口货物完税价格办法》(以下简称《审价办法》)的规定审核确定。
加工贸易出口的特殊商品，应征出口关税的，按照有关规定办理。例如：加工贸易出口未锻铝，不论是否有国产料件投入，一律按一般贸易出口货物从价计征出口关税。
